Daha öncede değinildiği üzere, insanoğluna ilişkin yerleşmelerin uzun zaman süresinde üst üste kurulup yıkılmasıyla oluşmuş yapay yükseltilere, bölgelere göre Höyük, Hüyük v.s. gibi değişik adlar verilir.
Yükseklikleri kullanılan inşa malzemesi ve daha çok da tabakalanmayla ilgili olarak artıp azalabilen bu türde ören yerlerinde tabakalaşmanın yarattığı sorun ortaktır. Bu sorun kimi zaman bir hal almış olabilir. Bu türdeki kazılarda ana amaç tabakalanmanın saptanması, yani; toprak içindeki tüm duvarlar ve buluntularının ait oldukları tabaklar ve birimlerle ilgisinin doğru olarak ortaya konulmasıdır. Kalın duvarları birkaç m ayakta kalabilmiş bir Asur sarayı gibi görece daha kolay kazılabilecek yerlerde bile, bir odanın içine açılmış ve odanın tabanınkinden daha sonraki dönemlere ilişkin buluntular veren çukurlar bulunabilir. Tabakalara daha sonraki çağlarda çeşitli nedenlerle yapılmış olan her türlü müdahale, karmaşanın biraz daha artmasına neden olmuştur.
Üst üste yerleşmelerinin olduğu tabaka kazılarında en çok rastlanan özelliklerden biri, çoğu kez yanlışlıkla �çöp çukuru� denen dairesel çukurlardır. Aslında eski insanlar çöpleri biriktirmek ve gömmek gibi hijyenik gibi kaygılar taşımıyorlardı. Bu türde çukurlar genellikle bu türde çukurlar genellikle, günümüz Anadolu köylerinde de görüldüğü üzere tahıl depolama amacıyla açılmışlardır. Zaman zaman da iç yüzeri özenle sıvanmıştır. Silo ya da ekin kuyusu denilebilecek bu çukurlar zamanla mantar, haşarat ve kemirgenlerce yapılan tahribat v.b etkenlerle kullanılmaz duruma girerler. Bu yüzden de doldurmaları gerekir işte böyle bir depo çukuru özgün işlevini yapamaz duruma girince onu genellikle etrafındaki çöplerle doldurma yoluna gidilmiştir. Yani bu türde çukurlarda ilk amaç depolamadır. Diğer kullanımlarsa ikincil değerdedir. Ancak hangi amaçla açılırsa açılsın, bu türdeki çukurlar tabakaların karışmalarına neden olan en önemli etkenler arasında sayılabilirler.
Aynen tek evreli yapıların kazısında olduğu gibi tabakalı yerlerin kazısında da uygulama arkeologun amacına göre değişik şekiller alabilir. Bu nedenle burada kazı öncesinde amacın çok iyi bir biçimde saptanmış olması gerekir.
Yalnızca tabakalanmayı ortaya çıkarmayı amaç edinen kazı ilkine kıyasla daha küçük çaplıdır. Burada arkeolog tabakaları geniş amaçlarla incelemek ve mimarlık eserlerini tüm plan incelikleriyle ortaya koymaktan çok stratigrafik ve kronolojik sorunları çözmeye doğru yönelir. Bunun yapılacak en uygu iş ise, höyüğün el verişli bir yamacında tepeden başlayıp basamaklar halinde eteğe doru inen bir açmanın açılmasıdır. Basamaklı açma denilen bu tür çalışmada, kazanılan alanın genişliği 5.00 m.den az olmamalıdır. Ancak höyük etekleri çoğu kez köylülerce çöplük olarak kullanıldığından yüzeysel ve dar basamaklı açmalardan fazla bir yarar sağlaması da olası değildir. Doğal olarak bu türde açmaların bir yerleşme yerinin ancak kaba bir tabakalanması konusunda bilgi sağlayabileceğini de unutmamak gerekir
Bir höyük geniş çapta kazılacaksa arkeologun yaklaşımı ilkine kıyasla farklı olacaktır. Öncelikle kazı sisteminin belirlenmesi gerekmektedir. Birbiri üzerine inşa edilmiş ve çeşitli yönlere bakan pek çok yapının söz konusu olduğu höyük türü tabakalı alanlarda, yukarıda anlatıldığı üzere değişik kazı sistemleri söz konusudur. Hangi sistem uygulanacaksa uygulansın kazıya girişilmeden önce yapılacak ilk iş kazı alanının topografik planının çıkarılması ve özellikle geniş alanlarda 20 x 20 m.lik bir referans karoyajının yapılmasıdır. Daha sonra alan uygulanacak sisteme göre kazıya hazırlanmalıdır. Plan kare sisteminin uygulanacağı durumlarda, karenin genişliğinin belirlenip alanın ahşap kazıklar çakılarak parselasyonunun yapılması gerekir. Aynı türde sabit noktalar açık alan kazıları içinde geçerlidir.
Kazıya başlanmadan önce çıkacak olan toprağın nereye döküleceği ve kazı alanının dışına nasıl taşınacağı konularında da kesin karara bağlanmalıdır. Bu gibi alanlarda kazı toprağının gelişigüzel şekilde höyük üzerine dökülmemesine azami dikkat gösterilmeli ve höyüğün yüzeyi daima temiz tutulmalıdır.
Hangi sistem benimsenirse benimsensin kazı öncesi yapılacak öncelikli işlerin başında, yüzeyden bir düzen dahilinde mümkün olduğunca fazla sayıda malzeme toplamaya çalışmak olmalıdır. Daha önceden belirlenen plan karelere göre yapılacak olan bu toplama sonucunda yüzey buluntularının, ele geçirildikleri her bir kareye göre ayrı ayrı değerlendirilmesinden ileriki kazılar için kimi ipuçları elde edilmesi ile zaman ve parasal olanakların en hesaplı bir biçimde kullanılmasını sağlayabilecek bilgiler elde edilebilmesi olasıdır.
Bundan sonra alanın yüzeyin ot ve bitkilerden arındırılması ve sonra da temizlenen yüzeyin bu kez de mimarlık izleri açısından dikkatle incelenmesi gelmektedir. Eğer kazılacak alanda arkeolojik anlamda hiçbir iz yoksa yüzey toprağı aşırı bir dikkate gerek duyulmaksızın kazma ve kürekle kaldırılmalıdır. Yüzey toprağının özellikle tarımsal etkinlikler yüzünden karıştırıldığı ve mimari kalıntıların yüzeye çok yakın olduğu durumlarda, üstteki toprak, mimari izler belirli bir biçimde ortaya çıkana kadar kazınarak temizlenmelidir
Esas arkeolojik kazı yüzey toprağının kaldırılmasından sonra başlar. Burada artık büyük kazmalar kazmalar yerine küçük çapalar ve malalarla çalışılmalıdır.
Kazıya önce açmanın bir köşesinden başlanmalı ve tüm yüzey 20�30 cm derinliğe kadar temizlenmelidir. Her kazıdan sonra biriken toprak derhal alanın dışına taşınmalı ve açılan yüzey süpürge ve fırçalarla mümkün olduğunca temizlenip dikkatle incelenmelidir.
Daha öncede denildiği gibi arkeolojik tabakalar farklı özellikler taşıyan birimlerin yan yana ve üst üste dizilmesi sonucu oluşmuşlardır. O halde stratigrafik bir kazıda her birimin ayrı ayrı saptanıp belgelenmesi en önde gelen görev durumundadır.
Höyüklerin kazısında en önemli sorun birbirini izleyen ve çoğu kez iç içe girmiş tabaka ve bunlarla ilgili birimlerin oluşturduğu karmaşadır. Burada ana ilke, alttakinin kazısına başlanmadan önce üstteki incelenmiş tabakanın tümüyle kaldırılmasıdır. Ancak bu kaldırma işlemi için tüm inceleme ve kayıt işlerinin yapılmış olması gerekir. Bununla birlikte, üstte çok önemli bir mimari ya da vazgeçilemez durumda herhangi bir kalıntı varsa, kaldırma işlemi uygulanmaz. Böyle hallerde, söz konusu alandaki daha derin yapı katlarının incelenmesi gerçekleştirilemez.
Kaldırma işlemi gelişigüzel değil, belirli bir sıra ve düzen içinde uygulanmalıdır. Önce çukur, silo veya taş sökme çukuru gibi tabakayı bozmuş en geç birimler; sonrada yerleşme birimleri tabanlar ve duvarlar kaldırılmalıdır. Mimarinin sökümü sırasında önceki dönemlere ait malzemeyle karıştırılmamasına özenle dikkat edilmelidir. Özellikle duvar ve çukur gibi öğelerin temizlenmesinde sağlam tabakayla çukur arasında ince bir ayırıcı pay bırakılmalıdır.
Kazılar sırasında ortaya çıkarılmış olan çukurlar renkleri ve özellikle de toprağın yumuşaklıklarıyla fark edilirler. Bu türde özellikler gelişigüzel kazılmamalı bunları dolduran malzemenin homojen mi olduğu, yoksa farklı dönemlerde mi kullanıldığı konusunda kanıt sağlayacağından içlerindeki tabakaların belirlenmesine çalışılmalıdır. Kazı yöntemleri boyutların çukurluklarına göre değişir. Bu iş için ideal yol çukurunun yarısını tabaka tabaka açmak, diğer yarısını ise kesit çizebilmesi için bırakmaktır. Eğer çukur bu türde bir kazı için çok küçükse kazma işlemi adım adım yapılmalıdır; şöyle ki önce bir yarısı 20-30 cm kadar kazılıp öteki yarı kesit için bırakılır. Sonrada bu kaldırılır. Ve yine 20-30 cm.lik yarım bir kısım kazılır ve bu iş çukur tümüyle kazılana kadar sürdürülmelidir. Bir çukurun hangi tabakanın kullanımı sırasında açıldığının belirlenmesi önemlidir. Bütün tabakaların devamlı olarak süpürülmesi, özellikle böyle çukurların başlangıcının saptanmasında son derece önemlidir. Böylece çukurun ilk beliriş anı doğru olarak izlenebilir.
Tabaka tabaka kaldırılarak yapılan bu işlemler ana toprağa kadar aynen sürer. Ancak özellikle büyük bir höyüğü tümüyle kazmaya çalışmak uygun bir tutum sayılmaz. Çünkü bir bölgenin tarihsel ve kültürel gelişimi konusunda esaslı tabakalara sahip büyük bir höyük tümüyle kazılacak olursa denetim için gelecek kuşaklara hiçbir şans tanınmamış olur. Kazı tekniklerinin her geçen gün geliştiği göz önünde bulundurulacak olursa, gelecekteki kazıların günümüzün en yöntemli çalışmalarından bile daha etkin ve sistematik olacağı kuşkusuzdur. bu durunda günümüzün kazılarında bir yıkım tehlikesi ya da tehdidi söz konusu değilse ideal davranış, gelecekteki çalışmalar için şimdiden yer ayırmak olmalıdır.
Geniş bir biçimde kazmasa bile, bir arkeologun, incelediği höyüğün ana toprağına kadar inen en alttaki tabakaları konusunda bilgi edinmeye çalışması doğaldır. Bunu niçin özellikle höyüklerin eteklerinde dik olarak açılan dar ve derin çukurlara ihtiyaç vardır. Hatta bazen içi boş çelik borular çekili toprak örneklerini karotlar halinde alınması yoluyla daha da derin tabakalar konusunda bazı bilgiler edinilebilir. Bu amaçla gerçekleştirilen dar ve derin çukurlara derin sondaj ya da derinlik sondajı adı verilir.
Bir kazıda sık sık küçük buluntularla karşılaşılır. Bir buluntu bulunup açığa çıkarıldığında yapılacak ilk iş, yerinde oynatmadan durumu kayıtlara geçmektir. Çünkü buluntu durumu konusundaki bu bilgi eserin kendisi kadar değerlidir. Bir buluntunun iki durumu söz konusudur. Bunlardan biri açma içindeki konumu, diğeri ise olduğu birimle birli, te stratigrafik konumudur. Bunların buluntuları bu iki durumu da açık biçimde belirlemedikçe bir kazının tam ve doğru analizini yapmak mümkün değildir.
Yükseklikleri kullanılan inşa malzemesi ve daha çok da tabakalanmayla ilgili olarak artıp azalabilen bu türde ören yerlerinde tabakalaşmanın yarattığı sorun ortaktır. Bu sorun kimi zaman bir hal almış olabilir. Bu türdeki kazılarda ana amaç tabakalanmanın saptanması, yani; toprak içindeki tüm duvarlar ve buluntularının ait oldukları tabaklar ve birimlerle ilgisinin doğru olarak ortaya konulmasıdır. Kalın duvarları birkaç m ayakta kalabilmiş bir Asur sarayı gibi görece daha kolay kazılabilecek yerlerde bile, bir odanın içine açılmış ve odanın tabanınkinden daha sonraki dönemlere ilişkin buluntular veren çukurlar bulunabilir. Tabakalara daha sonraki çağlarda çeşitli nedenlerle yapılmış olan her türlü müdahale, karmaşanın biraz daha artmasına neden olmuştur.
Üst üste yerleşmelerinin olduğu tabaka kazılarında en çok rastlanan özelliklerden biri, çoğu kez yanlışlıkla �çöp çukuru� denen dairesel çukurlardır. Aslında eski insanlar çöpleri biriktirmek ve gömmek gibi hijyenik gibi kaygılar taşımıyorlardı. Bu türde çukurlar genellikle bu türde çukurlar genellikle, günümüz Anadolu köylerinde de görüldüğü üzere tahıl depolama amacıyla açılmışlardır. Zaman zaman da iç yüzeri özenle sıvanmıştır. Silo ya da ekin kuyusu denilebilecek bu çukurlar zamanla mantar, haşarat ve kemirgenlerce yapılan tahribat v.b etkenlerle kullanılmaz duruma girerler. Bu yüzden de doldurmaları gerekir işte böyle bir depo çukuru özgün işlevini yapamaz duruma girince onu genellikle etrafındaki çöplerle doldurma yoluna gidilmiştir. Yani bu türde çukurlarda ilk amaç depolamadır. Diğer kullanımlarsa ikincil değerdedir. Ancak hangi amaçla açılırsa açılsın, bu türdeki çukurlar tabakaların karışmalarına neden olan en önemli etkenler arasında sayılabilirler.
Aynen tek evreli yapıların kazısında olduğu gibi tabakalı yerlerin kazısında da uygulama arkeologun amacına göre değişik şekiller alabilir. Bu nedenle burada kazı öncesinde amacın çok iyi bir biçimde saptanmış olması gerekir.
Yalnızca tabakalanmayı ortaya çıkarmayı amaç edinen kazı ilkine kıyasla daha küçük çaplıdır. Burada arkeolog tabakaları geniş amaçlarla incelemek ve mimarlık eserlerini tüm plan incelikleriyle ortaya koymaktan çok stratigrafik ve kronolojik sorunları çözmeye doğru yönelir. Bunun yapılacak en uygu iş ise, höyüğün el verişli bir yamacında tepeden başlayıp basamaklar halinde eteğe doru inen bir açmanın açılmasıdır. Basamaklı açma denilen bu tür çalışmada, kazanılan alanın genişliği 5.00 m.den az olmamalıdır. Ancak höyük etekleri çoğu kez köylülerce çöplük olarak kullanıldığından yüzeysel ve dar basamaklı açmalardan fazla bir yarar sağlaması da olası değildir. Doğal olarak bu türde açmaların bir yerleşme yerinin ancak kaba bir tabakalanması konusunda bilgi sağlayabileceğini de unutmamak gerekir
Bir höyük geniş çapta kazılacaksa arkeologun yaklaşımı ilkine kıyasla farklı olacaktır. Öncelikle kazı sisteminin belirlenmesi gerekmektedir. Birbiri üzerine inşa edilmiş ve çeşitli yönlere bakan pek çok yapının söz konusu olduğu höyük türü tabakalı alanlarda, yukarıda anlatıldığı üzere değişik kazı sistemleri söz konusudur. Hangi sistem uygulanacaksa uygulansın kazıya girişilmeden önce yapılacak ilk iş kazı alanının topografik planının çıkarılması ve özellikle geniş alanlarda 20 x 20 m.lik bir referans karoyajının yapılmasıdır. Daha sonra alan uygulanacak sisteme göre kazıya hazırlanmalıdır. Plan kare sisteminin uygulanacağı durumlarda, karenin genişliğinin belirlenip alanın ahşap kazıklar çakılarak parselasyonunun yapılması gerekir. Aynı türde sabit noktalar açık alan kazıları içinde geçerlidir.
Kazıya başlanmadan önce çıkacak olan toprağın nereye döküleceği ve kazı alanının dışına nasıl taşınacağı konularında da kesin karara bağlanmalıdır. Bu gibi alanlarda kazı toprağının gelişigüzel şekilde höyük üzerine dökülmemesine azami dikkat gösterilmeli ve höyüğün yüzeyi daima temiz tutulmalıdır.
Hangi sistem benimsenirse benimsensin kazı öncesi yapılacak öncelikli işlerin başında, yüzeyden bir düzen dahilinde mümkün olduğunca fazla sayıda malzeme toplamaya çalışmak olmalıdır. Daha önceden belirlenen plan karelere göre yapılacak olan bu toplama sonucunda yüzey buluntularının, ele geçirildikleri her bir kareye göre ayrı ayrı değerlendirilmesinden ileriki kazılar için kimi ipuçları elde edilmesi ile zaman ve parasal olanakların en hesaplı bir biçimde kullanılmasını sağlayabilecek bilgiler elde edilebilmesi olasıdır.
Bundan sonra alanın yüzeyin ot ve bitkilerden arındırılması ve sonra da temizlenen yüzeyin bu kez de mimarlık izleri açısından dikkatle incelenmesi gelmektedir. Eğer kazılacak alanda arkeolojik anlamda hiçbir iz yoksa yüzey toprağı aşırı bir dikkate gerek duyulmaksızın kazma ve kürekle kaldırılmalıdır. Yüzey toprağının özellikle tarımsal etkinlikler yüzünden karıştırıldığı ve mimari kalıntıların yüzeye çok yakın olduğu durumlarda, üstteki toprak, mimari izler belirli bir biçimde ortaya çıkana kadar kazınarak temizlenmelidir
Esas arkeolojik kazı yüzey toprağının kaldırılmasından sonra başlar. Burada artık büyük kazmalar kazmalar yerine küçük çapalar ve malalarla çalışılmalıdır.
Kazıya önce açmanın bir köşesinden başlanmalı ve tüm yüzey 20�30 cm derinliğe kadar temizlenmelidir. Her kazıdan sonra biriken toprak derhal alanın dışına taşınmalı ve açılan yüzey süpürge ve fırçalarla mümkün olduğunca temizlenip dikkatle incelenmelidir.
Daha öncede denildiği gibi arkeolojik tabakalar farklı özellikler taşıyan birimlerin yan yana ve üst üste dizilmesi sonucu oluşmuşlardır. O halde stratigrafik bir kazıda her birimin ayrı ayrı saptanıp belgelenmesi en önde gelen görev durumundadır.
Höyüklerin kazısında en önemli sorun birbirini izleyen ve çoğu kez iç içe girmiş tabaka ve bunlarla ilgili birimlerin oluşturduğu karmaşadır. Burada ana ilke, alttakinin kazısına başlanmadan önce üstteki incelenmiş tabakanın tümüyle kaldırılmasıdır. Ancak bu kaldırma işlemi için tüm inceleme ve kayıt işlerinin yapılmış olması gerekir. Bununla birlikte, üstte çok önemli bir mimari ya da vazgeçilemez durumda herhangi bir kalıntı varsa, kaldırma işlemi uygulanmaz. Böyle hallerde, söz konusu alandaki daha derin yapı katlarının incelenmesi gerçekleştirilemez.
Kaldırma işlemi gelişigüzel değil, belirli bir sıra ve düzen içinde uygulanmalıdır. Önce çukur, silo veya taş sökme çukuru gibi tabakayı bozmuş en geç birimler; sonrada yerleşme birimleri tabanlar ve duvarlar kaldırılmalıdır. Mimarinin sökümü sırasında önceki dönemlere ait malzemeyle karıştırılmamasına özenle dikkat edilmelidir. Özellikle duvar ve çukur gibi öğelerin temizlenmesinde sağlam tabakayla çukur arasında ince bir ayırıcı pay bırakılmalıdır.
Kazılar sırasında ortaya çıkarılmış olan çukurlar renkleri ve özellikle de toprağın yumuşaklıklarıyla fark edilirler. Bu türde özellikler gelişigüzel kazılmamalı bunları dolduran malzemenin homojen mi olduğu, yoksa farklı dönemlerde mi kullanıldığı konusunda kanıt sağlayacağından içlerindeki tabakaların belirlenmesine çalışılmalıdır. Kazı yöntemleri boyutların çukurluklarına göre değişir. Bu iş için ideal yol çukurunun yarısını tabaka tabaka açmak, diğer yarısını ise kesit çizebilmesi için bırakmaktır. Eğer çukur bu türde bir kazı için çok küçükse kazma işlemi adım adım yapılmalıdır; şöyle ki önce bir yarısı 20-30 cm kadar kazılıp öteki yarı kesit için bırakılır. Sonrada bu kaldırılır. Ve yine 20-30 cm.lik yarım bir kısım kazılır ve bu iş çukur tümüyle kazılana kadar sürdürülmelidir. Bir çukurun hangi tabakanın kullanımı sırasında açıldığının belirlenmesi önemlidir. Bütün tabakaların devamlı olarak süpürülmesi, özellikle böyle çukurların başlangıcının saptanmasında son derece önemlidir. Böylece çukurun ilk beliriş anı doğru olarak izlenebilir.
Tabaka tabaka kaldırılarak yapılan bu işlemler ana toprağa kadar aynen sürer. Ancak özellikle büyük bir höyüğü tümüyle kazmaya çalışmak uygun bir tutum sayılmaz. Çünkü bir bölgenin tarihsel ve kültürel gelişimi konusunda esaslı tabakalara sahip büyük bir höyük tümüyle kazılacak olursa denetim için gelecek kuşaklara hiçbir şans tanınmamış olur. Kazı tekniklerinin her geçen gün geliştiği göz önünde bulundurulacak olursa, gelecekteki kazıların günümüzün en yöntemli çalışmalarından bile daha etkin ve sistematik olacağı kuşkusuzdur. bu durunda günümüzün kazılarında bir yıkım tehlikesi ya da tehdidi söz konusu değilse ideal davranış, gelecekteki çalışmalar için şimdiden yer ayırmak olmalıdır.
Geniş bir biçimde kazmasa bile, bir arkeologun, incelediği höyüğün ana toprağına kadar inen en alttaki tabakaları konusunda bilgi edinmeye çalışması doğaldır. Bunu niçin özellikle höyüklerin eteklerinde dik olarak açılan dar ve derin çukurlara ihtiyaç vardır. Hatta bazen içi boş çelik borular çekili toprak örneklerini karotlar halinde alınması yoluyla daha da derin tabakalar konusunda bazı bilgiler edinilebilir. Bu amaçla gerçekleştirilen dar ve derin çukurlara derin sondaj ya da derinlik sondajı adı verilir.
Bir kazıda sık sık küçük buluntularla karşılaşılır. Bir buluntu bulunup açığa çıkarıldığında yapılacak ilk iş, yerinde oynatmadan durumu kayıtlara geçmektir. Çünkü buluntu durumu konusundaki bu bilgi eserin kendisi kadar değerlidir. Bir buluntunun iki durumu söz konusudur. Bunlardan biri açma içindeki konumu, diğeri ise olduğu birimle birli, te stratigrafik konumudur. Bunların buluntuları bu iki durumu da açık biçimde belirlemedikçe bir kazının tam ve doğru analizini yapmak mümkün değildir.